微衛星標記STR/SSR

背景介紹

微衛星標記（Microsatellite）也稱為短串聯重復序列（STR）或簡單重復序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復序列。微衛星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位微衛星可以用多種方法檢測，傳統方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。閱微基因基于5年的經驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標記的DNA片段進行檢測，結合分子量內標進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結果也更加精確。

服務項目

１．SSR引物開發
通過富集微衛星序列，開發出20-30條具有一定重復特征的微衛星序列，并且對序列進行多態性和特異性驗證。

２. 引物篩選
選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態性等信息（圖1）。

圖1. 用島津MultiNA芯片電泳儀進行引物篩選的結果

３．樣本批量擴增
用帶有熒光標記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。
４．測序儀檢測
帶有熒光標記的PCR產物進行稀釋后與分子量內標混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數據（fsa文件，見圖2）。

圖2.　應用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜

５．原始數據分析
編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。

圖3.　GeneMapper軟件分析后的電泳圖譜

６．群體遺傳學分析
利用生物信息學軟件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數據進行進一步分析，繪制遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態性等。

送樣要求

細胞（≥10⁶）、組織（≥300mg）、血液（≥1mL）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。

提供結果

引物、微衛星分析的原始數據以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結果等。

成功案例

到目前為止，我公司與上百家科研機構建立合作，進行過多個物種的引物開發、多態性分析、種系鑒定和連鎖圖譜構建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、馬、犬、牛、大熊貓、魚、蝦、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜蟲、瓢蟲、小麥、玉米、大豆、棉花、楊樹、蘋果、葡萄和真菌等。

【一站式整體科研服務，成就更高水平的科研成果】

標書基金實驗咨詢       表觀遺傳組學分析

課題實驗結題指導       細胞分子功能驗證

實驗培訓文章潤色       動物模型裸鼠成瘤

臨床檢測科研轉化       病理染色分子互作
麟美生物主營業務包括實驗動物模型建立、分子生物學、載體構建、細胞轉染、基因治療實驗、細胞功能驗證、基因敲出/入、原代培養、高通量測序、蛋白組學、代謝組學、高通量高內涵篩選、藥效學評價、藥理毒理學實驗、慢病毒包裝與穩轉株建立等多項科研技術服務，并建立了涵蓋實驗設計、項目實施、結果整理、數據分析及策略咨詢等一站式的科研服務體系并提供全方位科研方案。

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